Akcja rozgrywa się w latach sześćdziesiątych XX wieku – okresie podboju kosmosu, rządów Johna Kennedy’ego i zimnej wojny. Konflikt między Stanami Zjednoczonymi, a Związkiem Radzieckim był zagrożeniem dla całego świata. Właśnie wtedy odkryto istnienie mutantów.
Wtedy też Charles Xavier poznał Erika Lehnsherra. Zanim Charles (James McAvoy) i Erik (Michael Fassbender) stali się Profesorem X i Magneto, byli młodymi mężczyznami odkrywającymi swoje super-moce. Zanim zostali zaciętymi wrogami, przyjaźnili się. Razem z innymi mutantami próbowali zapobiec największemu zagrożeniu jakie widział świat. Młodzi rekruci to znani z poprzednich części bohaterowie. Widzowie wreszcie otrzymają odpowiedź na dręczące ich pytania – jak X-Meni zaczęli ze sobą współpracować? Czemu Charles jeździ na wózku inwalidzkim? Skąd się wzięły Posiadłość-X i Cerebro? Fani serii będą zachwyceni, ale ci, którzy zaczną przygodę ze światem X-Men właśnie od tego filmu, też się wciągną w niezwykłą historię.